ImageJ Tips : Set Scale...

Photoshopにて、編集 > 環境設定 > 単位・定規 の機能に相当するのが、
ImageJにて、Analyze > Set Scale...　です。

この設定事例では、
1200pixel per inchでスキャンした画像を開いて、
単位をinchから、mmに変更しています。

1 inch = 25.4mmですので上記の設定となります。

応用事例２：

この事例では、予め、ガラス板にクロム蒸着にてΦ2mmの白抜き円を描き、その位置を計測する作業をしています。

1200 ppi (pixel per inch)の精度で座標を読むために、表示単位をinchやmmではなく、pixelに変更します。

方法：

先のSet Scale...ダイアログにて、
Known Distance : 1200
Unit of Length : pixel
として、pixel単位で座標表示しています。
シフトキーを押しながら、円ツールで円を描くと真円が表示されます。

（図中、黄色の円）
カーソルキーで黄色円を移動しながら、白抜きされたスキャン画像の白円の中央に合わせると、ImgeJのメインダイアログに円の中心位置のpixel座標(x,y)が表示されます。
x=2201, y=2158

これが、14639x14639pixelの画像における、白円の中心位置座標となります。