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2010年5月 7日 (金)

GELSCANにてスキャンした48bitフルカラー画像をImageJで画像処理する手順

GELSCANにてスキャンした48bitフルカラー画像をImageJで画像処理する手順。

■通常の処理

(1)ImageJを起動します。

(2)画像を開きます。
    File > Open...

(3)自動露出
    Image > Adjust > Brightness/Contrast...

(4)B&Cダイアログ下の[Auto]ボタンを押す。

(5)JPEGで保存する
    File > Save As > Jpeg...

■16bitの白黒画像で保存したい場合

(6)全範囲を選ぶ
    Edit > Selection > Select All

(7)コピーする
    Edit > Copy

(8)新規画像作成
    File > New > Image...
    Type : 16-bit
    Fill With : White ←バックを白地に、蛍光発光を黒くしたい場合
    Width : 777pixels ←現在開いている画像ファイルの情報を参照し、
            同じ画素サイズにします。
    Height:794pixels

(9)ペースト
    Edit > Paste

(10)画像保存
    File > Save

(11)自動露出
    Image > Adjust > Brightness/Contrast...

(12)B&Cダイアログ下の[Auto]ボタンを押す。

(13)JPEGで保存する
    File > Save As > Jpeg...

補足:
%1:チャンネルの変更
 今回は、Redチャンネルに注目しています。
 もし、同様に、Greenチャンネル(やBlueチャンネル)について処理したい場合は、
 (3)自動露出
 を実行する前に、
 開いている画像ダイアログの下端のスライダーを中央に移動します。
 これで、画像処理ターゲット色チャンネルがGreen(緑)になります。
 開いている画像ダイアログの下端のスライダーを右端に移動すると
 画像処理ターゲット色チャンネルがBlue(青)になります。
 後の処理は同様です。

%2:Fill With : White ←バックを白地に、蛍光発光を黒くしたい場合
 バックを通常通り、黒地にしたい場合は、Fill With:Blackを選択します。
 ImageJの反転は、Look Up Tableを使って反転(Invert)していますが、
 解析を行う際には、元データの値を変更していません。
 つまり、みかけ、白地で値の大きい場所が黒くなりますが、
 plot profileにて値をグラフ化すると、みかけと異なり、元データの値のまま解析されます。
 この機能がImageJの優れたところです。

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