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2009年12月

2009年12月22日 (火)

一次元電気泳動解析ソフトウェア その2

電気泳動ゲル専用イメージスキャナ GELSCANにオプションにて添付する電気泳動解析ソフトウェアを調べています。

以前リストした製品について、カタログを入手し、価格、日本国内での営業の対応、技術サポート体制、そして製品の性能などの調査を始めました。

まず、Hulinksが扱っている BIOSOFT社製 QuantiScan についての情報です。

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製品名 QuantiScan

価格 ¥94,000-(税別)

製造元 BIOSOFT

日本代理店 ヒューリンクス

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BIOSOFT社は、スキャナ関連のソフトウェアとして UNGRAPHという製品もあります。論文等に掲載されたグラフを画像としてイメージスキャナでスキャンし、グラフの線をサンプリングしながら、表計算データにする変換するソフトウェアです。私も以前、ネット上でBIOSOFT社から直接($支払いクレジットカードにて)購入し、使っています。$300くらいでした。

〜〜〜〜〜 以下 ヒューリンクス社から公開許可を頂いた情報です。

■QuantiScan vs ImageJ

ご質問いただきました、ゲル電気泳動解析ソフト QuantiScan とImageJ との機能比較を簡単に行ってみましたのでご報告いたします。

大きな違いは、やはり、専用に設計・開発された商用ソフトウェアと、汎用的な画像解析ツールとして開発されたフリーウェアの違いということに収斂されると思います。

つまり、必要な事を比較的お手軽にできるというのが QuantiScan のアドバンテージです。例えば、この解析を業務として行う人には、レーンを簡単に検出し、ピーク検出やピークの高さ、面積の測定などほぼ自動的に行なってくれる QuantiScan にはメリットがあると思われます。

ただし、汎用の商用ソフトウェアであるだけに、それ以上の独自の解析手法を追加したり、特殊なファイル形式や特殊な画像を取り扱ったり等といったことは難しいという制約はあります。

QuantiScan のデモ版はおおよその機能をお試しいただけますので、弊社サイトからダウンロードしてお試しください。

https://www.hulinks.co.jp/download/demo/

以下、個別の機能について比較した内容を簡単に整理しました。
ご参考になりましたら幸いです。

▽レーン検出
どちらも矩形ツールを使って任意の矩形でレーンを指定することが可能です。これに加え等間隔の幅を持つ画像であれば、QuantiScan ではレーン数を指定すれば、半自等的に認識させることが可能です。

▽ピーク検出
QuantiScan では一つあるいは複数のレーンプロファイルから自動的にピークを検出することが可能です。ピークの高さ、面積等はほぼ自動的に計算処理させることができます。

ImageJ では基線と垂線を引いて明示的にユーザーが指定する必要があり、また、面積の計算は Magic wand を使って計算させることができますが、やはり基線を手動で指定する必要があります。

▽フィッティング
QuantiScan の自動ピーク検出機能には、多項式および Gaussianピークフィッティングがあります。

▽画像処理
ゲル電機泳動画像の解析に特化して開発された QuantiScan では、自動レーン検出や自動ピーク検出機能がありますが、それ以外には、画像処理の機能はありません。一方、汎用的な画像処理用に開発された ImageJ には多数機能がございます。

また、エッジ検出、コントラスト強化、ノイズ追加、フィルタ、FFT といった機能も同様です。

▽インポート
QuantiScan がインポートできるのはビットマップ、TIFF、JPEGファイルのみ。ImageJ は、プラグインやマクロを追加することでその他の様々なフォーマットのファイルをインポートが可能です。

以上、よろしくお願い申し上げます。

株式会社ヒューリンクス テクニカルサポート担当
http://www.hulinks.co.jp/support/

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2009年12月15日 (火)

三ツワフロンテックWebSiteにGELSCANが紹介されました。

お手頃価格の蛍光イメージャーです。
http://www.mitsuwa.co.jp/goods/goods/gelscan/gelscan.html

2009年12月 6日 (日)

パシフィコ横浜展示会

来週、水曜日から土曜日までパシフィコ横浜で行われる分子生物学会に出展いたします。

http://imeasure.cocolog-nifty.com/info/2009/11/mbsj2009-5ad0.html

弊社は、ネッパジーン㈱さんのブースに居ります。

横浜においでになっている方はぜひお寄りください。

10~19時(最終日のみ16:15)

私が不在の時もありますので、おいでになる際には、

事前にご連絡をいただけると幸いです。

では、パシフィコ横浜でお会いしましょう。

2009年12月 3日 (木)

地球照は何故見えるのか?

かなりおおざっぱに計算ですが、素朴な疑問だったので、やってみました。

地球照ってのは、三日月の時に暗い側が○く光って見える現象です。
しくみは、太陽が地球を照らす光が、反射して、月の夜側を照らし、再び地球に戻ってくる現象。

仮定
(1)月も、地球も完全拡散面の2次元の円盤。
(2)月も、地球も太陽から同じ距離。
   (1億5千万kmに対して35万kmですから無視)

思考実験
宇宙空間で、月も地球も同じ「輝度」で光る。
地球は、月の約4倍の直径なので、発する光量は、月の16倍。
地球からの光が月に届く比率は、
月の見かけ角度は、0.5度なので、立体角比率は全球の(1/720)^2
掛け合わせて、 16*(1/720)^2=3E-5

よって、
月の一部が欠けて(三日月のように)
明るい部分と暗い部分ができて、暗い部分は、
上記 地球からの反射光が照らすのですから、
その光量比率は、

三日月の時(月の周期28日のうちの新月から3日経過)には、
光っている部分の光量(満月を1として) 1-cos(360*3/28)=0.22
地球照部分の積算光量 (上記計算) 3E-5
よって、全体の光量比率は、
三日月:地球照=10,000 : 1
くらいとなります。

いわゆるポジフィルムで記録されている領域の
ダイナミックレンジがOD値3.3くらいでしょうか。
2000:1くらい。
肉眼や写真は、およそこのくらいは同時に記録できると仮定すれば、地球照は見えたり、記録できたりする光量比なんだと思います。
(実際には、三日月の部分の光は横から見るので、もっと弱く成る計算です。)

2009年12月 2日 (水)

松本空港の運命やいかに

雪の乗った八甲田山のステレオ写真が撮れたのでアップします。

松本空港から札幌に往復するのに、今回行きは松本空港、帰りは羽田空港戻りの便にしました。
今回は、
・松本空港発 11:00 → 札幌駅に13:40着(移動2時間40分)
・札幌に泊まり
・札幌駅発  16:10 → 塩尻駅に23:45着(移動7時間35分)
以上で、4万円弱。(モノレール、あずさ特急料金含む)
もし、松本空港へ戻る場合、便が1本のため、朝9時には、出発しないといけない。
つまり、せっかく泊まっても翌日の午前に仕事ができない。

■松本空港運用上の課題■
今回気づいたのですが、特急あずさ最終(新宿21:00発)で帰宅すると、塩尻駅着23:45のため、松本空港の駐車場の閉鎖時刻22:00にまったく間に合わない。
せめて塩尻駅、松本駅からタクシーで松本空港に車を取りに戻って、窓ガラスの霜を掻き取って暖機運転してから出発するまでの時間までは開けておいてもらいたいですね。

松本空港はJALが撤退を表明しています。静岡空港に参入している民間会社が引き受けるような動きがあるようですが、ビジネス用途では課題がありそうです。

まず、今回の出張では、万が一、11:00発が欠航に成った場合を想定し、中部国際空港から出る方法も準備していました。札幌に午後5時には着きます。
この場合、同じJAL便なので、航空運賃は、追加が発生しません。
もし、JAL以外の便が松本空港に乗り入れても、こうした技は難しくなるのかなあ。
現在、搭乗率が採算の60%をどうにか越えているのが北海道行きと、福岡行きの便のようです。ただ、別会社となり、マイレージが貯まるを諦めたとしても、定価x2+ホテル宿泊料金→定価x1程度に割り引きされる魅力と、万が一の欠航の代替手段の2つが確保されないとビジネスの利用客は、引き続き利用することには成らないと思うのですがいかがでしょうか。

以下、iPhoneで取った写真を貼ります。
記載が無ければ、松本空港→千歳空港 右席(視線が東方向)の写真です。
特に八甲田山のステレオ写真はステレオ視するとオモシロイです。ごらんあれ。

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