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2009年9月 9日 (水)

ImageJ 48bit Color TIFFデータを料理する

久々にImageJの解説シリーズをやってみます。

こんなケースを想定しています。
生データは、48bitカラーをTIFFで取ってあって、いろんな解析や画像処理をして、計算したり、綺麗な画像を論文に嵌め込んだりする。
(この程度であれば、もうPhotoshopを立ち上げる必要はありません。)

今回説明する作業の流れ。

48bit TIFF(R,G,B各色16bit)の画像を処理します。
・Greenチャンネルのみを拾い出し、
・適当な明るさに調整して、
・白黒反転して、
・JPEGファイルで保存する。
といった作業の流れを適当に説明を加えながら書いてみようと思います。
http://imeasure.cocolog-nifty.com/photos/fig/screen1.png
具体的には、上記左の画像から上記右の画像を作ります。
(GELSCANを使って得た、48bitの生画像データから、
 論文発表用に綺麗な反転画像を作るケースを想定しています。)

■今開いているファイル上端に表示されている情報

まず画像の状態を確認します。
開いたファイルの上端部には、
1/3(Red);9.90x16.94 inches (2969x5082);16-bit;86MB
とあります。
http://imeasure.cocolog-nifty.com/photos/fig/image_info.png

1つづつ見ていきます。

【1/3(Red)】
これは、RGB3つの色チャンネルの内、「今 Redを操作している」という意味。
一番下のスライダーを右に動かすと。
2/3(Green)
3/3(Blue)
と表示が変わります。

Photoshopでは、色毎の操作は、チャンネル表示に切り替えてから、操作を行います。ImageJでは、フルカラー画像を見ながら、色チャンネルだけに操作を加える作業をします。
Photoshopライクに、色チャンネル毎にグレースケール表示したい時には、Image>Type>RGB Colorとして24bitカラーに変えてから、
Image>Type>RGB Stack とすることで、色毎のグレースケール表示となります。

【9.90x16.94 inches】
これはスキャンした対象の寸法をインチで表示。
1インチ=25.4mm

【 (2969x5082)】
これは画素数。約1500万画素。
1000x1000が百万。
万x万が1億。
3千x5千なら、15x百万なので、1千5百万。

【16-bit】
これは、1pixelのビット数。
16bitデータなので、65536階調。(=2^16)

【86MB】
これは、ファイルサイズ。
8bitであれば、1500万画素は、15MPixelなので、15MByte
(1 Byte = 8bit )
16bitなので、2倍の30MByte
フルカラーなので、3倍の90MBとなります。

■スキャンした解像度も判ります。

Analyze>Set Scale...
とやると、
http://imeasure.cocolog-nifty.com/photos/fig/resolution.png
Distance in Pixels:300
Known Distance:1.00
Pixel Aspect Ratio:1.0
Unit of Length:inch
とある。

これで、1インチあたりに300pixelの解像度であることが判ります。

つづきます。。

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