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2009年8月 5日 (水)

電気泳動ゲル撮影 SYBR Gold のサンプル画像を追加しました

http://imeasure.cocolog-nifty.com/photos/fig/sybr_gold_sample3_48bit_w400.png   http://imeasure.cocolog-nifty.com/photos/fig/sybr_gold_sample3_ginv_w400.png

(2009.9.4 追加)

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GELSCANのサンプル画像に
DNA蛍光染色:SYBR Goldの画像を追加しました。

http://imeasure.cocolog-nifty.com/photos/fig/sybr_gold_ij_w500.jpg

同じく、代表的なDNA染色:SYBR Greenの画像は下記をご覧下さい。

http://imeasure.cocolog-nifty.com/photos/fig/sybr_green_w500.png

SYBR Green(緑)とSYBR Gold(青)の励起/蛍光スペクトル

横軸:波長[nm]、縦軸相対感度、強度

Invitrogen - Molecular Probes - Spectra Viewerより。)

http://imeasure.cocolog-nifty.com/photos/fig/sybrgold_sybrgreen.png

電気泳動ゲル撮影条件:
ゲル寸法:262mmx218mm
アクリルアミド
解像度:300ppi(Pixel Per Inch, 85μm)
ガンマ 1.0(蛍光強度にリニアな出力)
16bitTIFF画像

画像処理:
ImageJ v1.41o
 白黒反転: Image>Lookup Tables>Invert LUT
 ガンマ変換:Process>Math>Gamma 0.2
 自動露出: Image>Adjust>Brightness/Contrast Auto

※ImageJでのガンマ変換処理、Gamma 0.2は、Photoshopのレベル補正の中央の数字 1.0を変更する時には、逆数5.0をセットします。ただし、Photoshopレベル補正のアルゴリズムは単純なガンマ変換数式とは少し異なるようです。ImageJは、y=x^(gamma)という数式通り。

ゲルサイズは、□200mmを越えており、お客様は、従来使用していたイルミネータ(200x200mm)では一度に撮影しきれず、2回に分けてゲル撮影していたとのことでした。
GELSCANは、310x437mmを一度にスキャンできるため、これからは2枚並べて一度にスキャンすることも可能です。

ちなみに、今回の300ppi画像にて、
260mmx220mmの画像は、
3251x2622 pixel
となり、800万画素のデータです。
ファイルサイズは、8bitであれば、画素数のまま、800万バイト(8MByte)ですが、1画素当たり16bitですので、その倍の16MBとなります。

デジタルカメラを使って、この画像相当の画素数(解像度)を得るには、1600万画素(イメージスキャナで得る画素の倍以上)相当のデジカメを使用する必要があります。

ちなみに、GELSCANは、2400ppiまで解像度を上げることが可能です。今回のゲルのサイズであれば、24,000x20,000pixel ~ 480億画素まで上げることが可能ですが、実用上は、400ppi(1440万画素)までで十分と思われます。

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電気泳動ゲルのスキャン画像を追加しました。

GELSCANによるSYBR Gold 画像 その2
 
 ゲル寸法:265 x 435mm(ゲル2枚)
 スキャン時間:約7分
 300ppi, 48bitColor (1600万画素)

電気泳動ゲルのスキャン画像を更新しました。

GELSCANによるSYBR Gold 画像

生データで見ると、蛍光強度が3倍程度に強くなっています。

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