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2009年7月14日 (火)

1次元電気泳動ゲル解析ソフトウェア

タンパク質やDNAの解析手法の1つ、アクリルアミドやアガロースなどの材料からできた『ゲル』を使った電気泳動像を解析するソフトウェアを新たに見つけました。

ゲル解析ソフトウェア

[1]UN-SCAN-ITgel

開発元: Silk Scientific, Inc.

http://www.netscience.ne.jp/software/unscanitgel/

国内で取り扱っている代理店は、ヒューリンクス。
昔Mac用ソフトウェアや周辺機器でお世話になったような記憶が。

スクリーンショットを見ると
http://www.silkscientific.com/gel/screenshots.htm
NIHの代表的なフリーウェアImageJより多機能っぽいですね。

[2]QuantiScan

Bio Softの製品も同じくHULINKSが扱っていました。

http://www.hulinks.co.jp/software/quantiscan/index.html

[3]Basic Quantifier

旧日本バイオイメージ・リミテッドおよび旧ジェノミック ソリューションズ㈱で取り扱っていた電気泳動画像解析システム
http://www.relyon.co.jp/software.html

[4]NIH ImageJ

いわずとしれた米国 NIHの研究者が開発したスタンダードフリーウェア。

開発当初は、Macintosh OS版のみNIH Imageとして知られていましたが、現在は、Javaでマルチプラットホーム対応しました。downloadはこちらから

日本語版はこちら。(販売元がBioArtsからテクセル工房になりました。2009.8.10現在)

ちなみに、EPSONのイメージスキャナとImageJを使ったゲル解析のマニュアルは、下記に置いてあります。
http://www.imeasure.co.jp/report/ImageJ_CBB.html

CBBや銀染色の場合、透過濃度(Optical Density)に換算してから、定量するため面倒ですね。

蛍光染色であれば、センサが受光した蛍光強度に比例した値でスキャンし、そのまま定量に使用することができます。
http://www.imeasure.co.jp/pdf/rpt_fitc.pdf

http://www.imeasure.co.jp/pdf/GELSCAN_syproruby_imageJ.pdf

一般的なスキャナドライバは、逆ガンマ1.8や2.2が掛かっていて注意が必要です。

今日も、GELSCANの営業で梅雨明けした東京の大学研究室へ行ってきました。

DNAの1次元電気泳動の画像撮影装置として、GELSCANに関心を頂きました。
既存のゲル撮像装置と比較して、GELSCANは下記の利点があります。

◇既存のゲル撮影装置:
・イルミネータ(バックライト式)+暗箱フード+デジタルカメラ
欠点:(1)イルミネータの光源の照明ムラが発生する。
面発光光源でないため、どうしても線光源が複数本並んだ状態が見えてしまうそうです。

◇電気泳動ゲル専用 蛍光イメージスキャナ GELSCAN:
長所:蛍光基準板を使ってスキャン前に毎回キャリブレーションを実施するため、照明ムラはもちろん、レンズの中央と周辺での明るさムラ、センサの画素毎の感度ムラ、黒レベル補正などが校正されます。更に、いつスキャンしても繰り返し再現性のある値が出力されます。

また、スキャナ駆動ソフトウェア 『iMeasureScan』との組み合わせで、センサが受光した蛍光強度に比例した値を16bitで得られます。
その結果、得られた画像を使った定量が可能となります。

GELSCANは、無償デモサービスがございます。
ぜひ、一度お試しください。

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