1次元電気泳動ゲル解析ソフトウェア
タンパク質やDNAの解析手法の1つ、アクリルアミドやアガロースなどの材料からできた『ゲル』を使った電気泳動像を解析するソフトウェアを新たに見つけました。
ゲル解析ソフトウェア
[1]UN-SCAN-ITgel
http://www.netscience.ne.jp/software/unscanitgel/
国内で取り扱っている代理店は、ヒューリンクス。
昔Mac用ソフトウェアや周辺機器でお世話になったような記憶が。
スクリーンショットを見ると
http://www.silkscientific.com/gel/screenshots.htm
NIHの代表的なフリーウェアImageJより多機能っぽいですね。
[2]QuantiScan
Bio Softの製品も同じくHULINKSが扱っていました。
http://www.hulinks.co.jp/software/quantiscan/index.html
[3]Basic Quantifier
旧日本バイオイメージ・リミテッドおよび旧ジェノミック ソリューションズ㈱で取り扱っていた電気泳動画像解析システム
http://www.relyon.co.jp/software.html
[4]NIH ImageJ
いわずとしれた米国 NIHの研究者が開発したスタンダードフリーウェア。
開発当初は、Macintosh OS版のみNIH Imageとして知られていましたが、現在は、Javaでマルチプラットホーム対応しました。downloadはこちらから。
日本語版はこちら。(販売元がBioArtsからテクセル工房になりました。2009.8.10現在)
ちなみに、EPSONのイメージスキャナとImageJを使ったゲル解析のマニュアルは、下記に置いてあります。
http://www.imeasure.co.jp/report/ImageJ_CBB.html
CBBや銀染色の場合、透過濃度(Optical Density)に換算してから、定量するため面倒ですね。
蛍光染色であれば、センサが受光した蛍光強度に比例した値でスキャンし、そのまま定量に使用することができます。
http://www.imeasure.co.jp/pdf/rpt_fitc.pdf
http://www.imeasure.co.jp/pdf/GELSCAN_syproruby_imageJ.pdf
一般的なスキャナドライバは、逆ガンマ1.8や2.2が掛かっていて注意が必要です。
今日も、GELSCANの営業で梅雨明けした東京の大学研究室へ行ってきました。
DNAの1次元電気泳動の画像撮影装置として、GELSCANに関心を頂きました。
既存のゲル撮像装置と比較して、GELSCANは下記の利点があります。
◇既存のゲル撮影装置:
・イルミネータ(バックライト式)+暗箱フード+デジタルカメラ
欠点:(1)イルミネータの光源の照明ムラが発生する。
面発光光源でないため、どうしても線光源が複数本並んだ状態が見えてしまうそうです。
◇電気泳動ゲル専用 蛍光イメージスキャナ GELSCAN:
長所:蛍光基準板を使ってスキャン前に毎回キャリブレーションを実施するため、照明ムラはもちろん、レンズの中央と周辺での明るさムラ、センサの画素毎の感度ムラ、黒レベル補正などが校正されます。更に、いつスキャンしても繰り返し再現性のある値が出力されます。
また、スキャナ駆動ソフトウェア 『iMeasureScan』との組み合わせで、センサが受光した蛍光強度に比例した値を16bitで得られます。
その結果、得られた画像を使った定量が可能となります。
GELSCANは、無償デモサービスがございます。
ぜひ、一度お試しください。
« 雑音源となる暗電流は主として素子表面で発生している | トップページ | ゲル撮影装置【イルミネータ+カメラ方式】では満足できない方にお奨めしたい5つの理由 »
「ゲノム・プロテオミクス」カテゴリの記事
- ポリアクリルアミドゲル電気泳動による血清及び尿蛋白の意義(2014.01.21)
- タンパク質定量と染色(2014.01.21)
- SYPRO Ruby キラー Lumitein(2011.04.12)
- GELSCANの検出限界ODは4.0以上(2011.01.04)
- 一次元電気泳動解析ソフトウェア その3(2010.11.08)
「デジタル画像」カテゴリの記事
- ■ ImageJ の話 〜 NIH Image の進化形 〜(2018.08.19)
- イメージスキャナでタイムラプス その2 氷の融ける様子を連続スキャンしてみる(2018.08.17)
- 身の回りの解像度を統一指標で一覧にしてみた(2018.08.16)
- 鯛の彫り物 2種(2018.08.07)
- VRゴーグルの解像力を 視力で表記したらどうだろうか?(2018.07.29)
「製品サポート」カテゴリの記事
- 赤外線画像で測る、赤外線画像で解析する(2019.03.15)
- PhotoDigitizerの主走査倍率精度の決め方(2018.11.16)
- 画像計測用のイメージスキャナ PhotoDigitizer が新モデルに生まれ変わります。(2018.11.15)
- 大型アナログ図面の高精度デジタイズ CADデータ化 にお悩みの方はぜひご相談ください。(2018.11.09)
- スキャナを濃度計にしたり タイムラプス撮影するソフトウェアが GTX-980 DS-G20000 に対応しました。(2018.09.28)
コメント
« 雑音源となる暗電流は主として素子表面で発生している | トップページ | ゲル撮影装置【イルミネータ+カメラ方式】では満足できない方にお奨めしたい5つの理由 »
http://www.bio-concierge.com/list.php?id=25
投稿: いちのせ | 2009年12月19日 (土) 01時15分