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2009年7月28日 (火)

ゲル撮影装置 25塩基単鎖DNAを1ピコモルまで計測しました

公開許可を頂いたので、過日、ゲル撮影装置 GELSCANで撮影したDNAの画像をアップします。
44塩基のDNAでは、0.3ピコモルまで検知できています。

■実験1:FITC修飾DNAの検出限界調査

http://imeasure.cocolog-nifty.com/photos/fig/fitc_1pmol_w500.png

スキャン条件:
電気泳動ゲル専用蛍光イメージスキャナ GELSCAN
解像度:300ppi (pixel per inch, 85μm)
イメージタイプ:16bitグレースケール

対象:
44塩基単鎖DNA
25塩基単鎖DNA
濃度:10, 6, 3, 1, 0.6, 0.3 [pmol]
3'末端FITC修飾

(染色しているのではなく、DNAの合成段階で化学的にDNAにFITCを結合。)

■実験2:蛍光試薬FITCでの検量線作成

目的:検量線の作成
方法:
・『3'末端FITC修飾した』濃度の異なるDNAを電気泳動。
・GELSCANのDensitometorモードにて、16bit画像を得る。
 (GELSCANはフルカラーRGBにて48bit画像を得られる)
・NIHのImageJにて定量化し、検量線を作成する。
DNA濃度 100, 60, 30, 10 pmol
 (10μmol/Lを それぞれ、10, 6, 3, 1μL)
DNA塩基数 25塩基、44塩基の2種。
蛍光試薬:FITC

3'末端FITC修飾

(染色しているのではなく、DNAの合成段階で化学的にDNAにFITCを結合。)

http://imeasure.cocolog-nifty.com/photos/fig/fitc_anl1_.png

http://imeasure.cocolog-nifty.com/photos/fig/fitc_anl2_.png

http://imeasure.cocolog-nifty.com/photos/fig/fitc_anl3_.png

http://imeasure.cocolog-nifty.com/photos/fig/fitc_anl4_.png

※44塩基の60pmolのプロットが少し直線から外れている理由は、ゲルが裂けてしまっていることが原因していると思われる。

FITCの励起波長、蛍光波長:

http://imeasure.cocolog-nifty.com/photos/fig/fitc_ex_em.png

Invitrogen - Molecular Probes - Spectra Viewer

より。

■ FITC

同仁化学研究所 WebSiteより。

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