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2009年2月 1日 (日)

CBBゲルのImageJによる解析 その3

CBB染色 SDS-Page(一次元電気泳動ゲル)の検量線を作成してみました。
以下、URLをご覧下さい。

ImageJによるCBB SDS-Page ゲルの検量線の作成
http://www.imeasure.co.jp/report/ImageJ_CBB.html

ImageJを初めてお使いになる方に対し、確実に結果を出せるように1ステップ毎にスクリーンショットを撮った説明書です。ぜひお試しください。

勘違い、間違い等あるかと思います。お気づきの点ございましたらご連絡ください。

市販のイメージスキャナは、写真や原稿を「キレイに撮る」ことを目的としており、今回のようにイメージスキャナを再現性のある計測器として使おうとすると、『自動露出』や『ガンマ補正』をはじめとして、さまざまな障害があります。

現在、弊社のスキャナ駆動ソフトウェア iMeasureScanは、

(1)EPSON Scannerの透過原稿ユニットに対応。

(2)スキャナガンマを1.0に設定して透過率(T)に比例した16bitデータを出力。

つまり、センサに入射した光量に比例した値を出力。

を特徴とし、スキャナを計測器として使おうと試みられているユーザーのみなさんの期待に応えるための設計となっています。

ぜひ、ご利用ください。

また今回の報告は、

(a)既存の市販エプソンスキャナの透過ユニットを使って、

(b)CBB(クマシーブルー)染色電気泳動ゲルをスキャンし、

(c)タンパク質の(相対的な)定量比較をする。

ための、Tipsとなると思います。

不明な点ございましたら、お気軽にお問い合わせください。

現時点では、私もまだ、

□作成した検量線から、タンパク質の絶対量を推定する。

方法が不明です。引き続き、ImageJを調べてみます。

しかし、相対的な定量比較を可能としたことで、

一緒にスキャンする複数のタンパク質が、「何倍タンパク質が多いか」といった線形性のある比較が可能となると思います。

修正:
http://www.imeasure.co.jp/report/ImageJ_CBB.html
5−2−1.レーン#1を囲む
ブラウス→ドラッグ
8.検証
※最も淡いレーン(7.8ng/band)以外は、信用できる?

※最も淡いレーン(7.8 ng/band)以外は、信用できる?
(数値と単位の間に半角スペースを入れる。)

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コメント

1994年7月6日
の記事ですが、ImageJを用いて、電気泳動ゲルをイメージスキャナで取り込むTipsが記載されていました。
http://wwwsoc.nii.ac.jp/jacs/JJCS/v1/n1/p17_23/index.html

現在のバージョンでは、Photoshop用PlugInを使ってスキャナで取り込む方法は存在しません。
Photoshop Version 2.5とか、Color Magician(小池さんの)とか、懐かしい単語がたくさん出てきますが、ImageJのTipsは、現在でも有用です。
閉じたグラフ内部の面積を計算する際に使用刷る道具を”魔法の杖”と仮称していましたが、 正式名称もどうやら、「Wand」らしいです。^^)

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