CBBゲルのImageJによる解析 その3
CBB染色 SDS-Page(一次元電気泳動ゲル)の検量線を作成してみました。
以下、URLをご覧下さい。
ImageJによるCBB SDS-Page ゲルの検量線の作成
http://www.imeasure.co.jp/report/ImageJ_CBB.html
ImageJを初めてお使いになる方に対し、確実に結果を出せるように1ステップ毎にスクリーンショットを撮った説明書です。ぜひお試しください。
勘違い、間違い等あるかと思います。お気づきの点ございましたらご連絡ください。
市販のイメージスキャナは、写真や原稿を「キレイに撮る」ことを目的としており、今回のようにイメージスキャナを再現性のある計測器として使おうとすると、『自動露出』や『ガンマ補正』をはじめとして、さまざまな障害があります。
現在、弊社のスキャナ駆動ソフトウェア iMeasureScanは、
(1)EPSON Scannerの透過原稿ユニットに対応。
(2)スキャナガンマを1.0に設定して透過率(T)に比例した16bitデータを出力。
つまり、センサに入射した光量に比例した値を出力。
を特徴とし、スキャナを計測器として使おうと試みられているユーザーのみなさんの期待に応えるための設計となっています。
ぜひ、ご利用ください。
また今回の報告は、
(a)既存の市販エプソンスキャナの透過ユニットを使って、
(b)CBB(クマシーブルー)染色電気泳動ゲルをスキャンし、
(c)タンパク質の(相対的な)定量比較をする。
ための、Tipsとなると思います。
不明な点ございましたら、お気軽にお問い合わせください。
現時点では、私もまだ、
□作成した検量線から、タンパク質の絶対量を推定する。
方法が不明です。引き続き、ImageJを調べてみます。
しかし、相対的な定量比較を可能としたことで、
一緒にスキャンする複数のタンパク質が、「何倍タンパク質が多いか」といった線形性のある比較が可能となると思います。
修正:
http://www.imeasure.co.jp/report/ImageJ_CBB.html
5−2−1.レーン#1を囲む
ブラウス→ドラッグ
8.検証
※最も淡いレーン(7.8ng/band)以外は、信用できる?
→
※最も淡いレーン(7.8 ng/band)以外は、信用できる?
(数値と単位の間に半角スペースを入れる。)
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コメント
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1994年7月6日
の記事ですが、ImageJを用いて、電気泳動ゲルをイメージスキャナで取り込むTipsが記載されていました。
http://wwwsoc.nii.ac.jp/jacs/JJCS/v1/n1/p17_23/index.html
現在のバージョンでは、Photoshop用PlugInを使ってスキャナで取り込む方法は存在しません。
Photoshop Version 2.5とか、Color Magician(小池さんの)とか、懐かしい単語がたくさん出てきますが、ImageJのTipsは、現在でも有用です。
閉じたグラフ内部の面積を計算する際に使用刷る道具を”魔法の杖”と仮称していましたが、 正式名称もどうやら、「Wand」らしいです。^^)
投稿: いちのせ | 2009年9月11日 (金) 13時19分