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2007年11月

2007年11月29日 (木)

レーザー&PMT方式とGELSCANの比較 その2

元画像をフルサイズでアップします。

※※ BLOG側の制約で自動的に幅 500pixelに丸められるようです。

元画像は1192pixelあります。

(オリジナルJPEG画像は、弊社ホームページに掲載します。)

■ レーザー+PMT方式 Molecular Imager FX (Bio-Rad社) 価格 約600万円

元画像:http://www.imeasure.co.jp/fig/MolImgFX.jpg

■ GELSCAN 300ppi(dpi) スキャン時間:1分15秒 加算処理:なし(1回)

元画像:http://www.imeasure.co.jp/fig/GELSCANx1_level.jpg

■ GELSCAN 300ppi(dpi) スキャン時間:80分 加算処理:あり(32回)

元画像:http://www.imeasure.co.jp/fig/GELSCANx32_level.jpg

加算処理とは、新開発イメージスキャナ駆動ソフト『iMeasureScan』のマルチスキャン機能を指します。

非常に淡い画像をノイズを下げて可視化する際に威力を発揮します。(%2)

詳細につきましては、末尾の備考欄を参照ください。(%1)

■スキャニング順番について:

スキャニング順番は、

(1)ゲル作成後 直ちに レーザー+PMT方式でスキャン。

(2)宅配送付 2日後 GELSCANにてx1スキャン。

(3)続けて GELSCANにて x32スキャン。

※蛍光標識試薬は、励起光の照射により蛍光強度が劣化していきます。

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BMB2007 日本分子生物学会・日本生化学会

BMB2007 にGELSCANを展示します。

BMB2007 第30回日本分子生物学会・第80回日本生化学会

http://www.aeplan.co.jp/bmb2007/

開催日:2007年12月11日~14日
会場: パシフィコ横浜
※国際画像機器展に続いて連続展示です。

展示会場は、14日(金)で終了します。ご留意ください。

ブース番号:#86 三ツワ理化学工業 ブース
http://www.aeplan.co.jp/cgi-bin/exhibit/exhibit.cgi?soc=Bmb&id=BMB204

レーザー&PMT方式とGELSCANの比較

タンパク質分析用 SYPRO Ruby 蛍光標識試薬で染色したゲルの比較画像です。

上:GELSCAN 300ppi 32回加算 (スキャン時間 30分)

下:レーザー+PMT方式 Molecular Imager FX (Bio-Rad社)

左にpixel等倍の画像を入れました。解像力は十分あると思われます。

タンパク質濃度は、左のバンドから順に下記の通りです。

1:1μg/band

2:0.5ng/band

3:0.25μg/band

4:0.125μg/band

5:0.063μg/band

6:0.031μg/band

7:0.016μg/band

8:0.0078μg/band

9:0.0039μg/band

10:0.0020μg/band

11:0.00098μg/band

12:0.00049μg/band

13:No proteins, blank

14:0.5μg/band

です。

12番目のバンドもかろうじて見えていますので、

0.49ng/bandまで検出できている、と言えるかと思います。

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2007年11月26日 (月)

SYBR GREENの蛍光画像

長野県野菜花き試験場のご協力を頂き、VISTRA GREEN(%1)染色によるDNA画像をスキャンしました。

19x12cmのゲル3枚をA3プラテンガラスに並べて、一度にスキャンしました。

・スキャン条件:48bitカラー、300ppi ⇒RGBの内、16bitGreenチャンネルのデータを解析用に分離しました。

・スキャン時間:3分08秒

・励起光:λ=467nm 青色LEDアレー

■結果:

次の画像は、上が新開発の電気泳動ゲル専用蛍光・可視イメージスキャナ GELSCAN による画像、下がイルミネータ+デジタルカメラによる現行手法の画像です。

左側の□囲みは画素(pixel)等倍の部分画像です。分解能の違いが分かると思います。

■ デジタルカメラを用いる手法に対する、GELSCANによる手法の利点を挙げてみます。

(1)暗室が不要であること。PCの隣で作業ができます。

(2)ズーム、ピント合わせ作業が不要なこと。

蛍光光は微量であり、ピントがボケていると微細な濃淡を捕らえることができません。

(3)ゲル染料に照射される励起光の積算光量が必要最小限であること。

デジカメ撮影では、ピントあわせの作業中、ゲルに励起光を照射し続けます。GELSCANは、スキャン時のみ照射されます。

(4)スキャン直後にPCのディスプレイにて確認できる。メモリーカードなどによるデータ移動が不要。

(5)光源を直接見る必要が無く、目にやさしい。また、青色光のため万が一見つめても安全。

デジカメ撮影では、ピントあわせの作業中、励起光を見つめ続けることになります。

(6)A3サイズのプラテンガラスに複数枚のゲルを並べ、一度にスキャンすることができる。

次はタンパク質 Flamingo染色画像の予定です。レーザー+PMTイメージャーと比較します。

(つづく)

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BELTSCAN debut

製品検査用ベルト式イメージスキャナ BELTSCAN 誕生です。

 従来、肉眼による主観評価に頼っていた検査業務を自動化するためのシステムをご提案致します。

ワークの不良を画像処理にて発見するポイントは、単純なしきい値処理だけで、不良を判別可能とすることです。

そのためには、ワークの欠陥に起因する明るさの微妙な差異を豊かな階調で捕らえる『キレイな画像』を得ることです。

BELTSCANは、エリアセンサを用いたシステムでは困難だった照明ムラの無い非常に均質な画像を提供します。

また、ラインセンサカメラでは、一からシステム構築しなければならないのに対して、安価で、直ちにお使い頂けるシステムをご提供致します。しかも、一般的なカラーラインセンサカメラは、8bitの諧調データ(一部の製品で10bit)ですが、BELTSCANは、16bitの深い諧調データを出力します。

センサヘッドは下向きに設置されていますので、往復移動するベルトの上に被検査物を載せるだけで最高2400dpi、16bitの高解像度、高精細なデジタル画像を得ることができます。

またベルトを片方向移動するモードも備えており、生産ラインへの組込みをご検討頂けます。

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2007年11月20日 (火)

産業技術の歴史

なつかしい初代カラーイメージスキャナ GT-3000の写真がデータベースに掲載されていました。

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国立科学博物館では平成9年度より「産業技術の歴史」についての調査研究プロジェクトを開始しました。
このホームページでは「収集した資料のデータベース」を始めとして、産業技術の歴史に関わる様々な情報を掲載しています。
http://sts.kahaku.go.jp/sts/set_top.html
GT-3000
http://sts.kahaku.go.jp/sts/detail.php?18=&key=102090041038&APage=456
GT-6000
http://sts.kahaku.go.jp/sts/detail.php?18=&key=102090041044&APage=457
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2007年11月18日 (日)

CBBゲルのImageJによる解析 その2

■CBB染色 SDS-Page(一次元電気泳動ゲル)の検量線を作成してみました。
以下、URLをご覧下さい。

ImageJによるCBB SDS-Page ゲルの検量線の作成
http://www.imeasure.co.jp/report/ImageJ_CBB.html

ImageJを初めてお使いになる方に対し、確実に結果を出せるように1ステップ毎にスクリーンショットを撮った説明書です。ぜひお試しください。

また、2007.11.18時点では使いこなせなかった ImageJの対数計算処理も含めてありますので、以下の2)〜6)の流れは省略可能です。

(以上 2009.2.1 追記)

■2次元電気泳動画像を解析する

2次元電気泳動ゲルのスポットを定量してみます。

http://imeasure.cocolog-nifty.com/blog/2007/11/cbb_34e9.html

流れは次のとおりです。

1)2次元電気泳動ゲルのデジタル画像から透過率データを得る

2)ImageJで画像を開きTextFileとして画像データを保存

3)Excelにてテキストファイルを読み込む

4)開いたExcelのワークシートをsheet1として、sheet2にOD値換算の演算ワークシートを作成する

5)Excelからテキストファイル形式でOD値のsheet2を保存する

6)ImageJにて開く

7)3Dプロットする

8)ImageJにてタンパク質濃度積分値を算出する

9)タンパク質の量(%od)を定量する

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2007年11月17日 (土)

CBBゲルのImageJによる解析

CBB-R250で染色したゲル(SDS-PAGE)のガンマ1.0の16bit画像をImageJを使ってプロットしました。

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2007年11月16日 (金)

CBBの画像

■CBB-G250 Redチャンネル

京都高度技術研究所の山本佳宏様からCBBゲルをお借りし、GELSCANにてスキャンしてみました。

iMeasure Scanを使って得た、『ガンマ1.0の画像です。

元は16bitデータです。ImageJにて定量化が可能です。

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2007年11月 4日 (日)

スキャナ修理

知人からES-2000の暗部縦筋(たてすじ)を修理できないかと相談がありました。

画像を見るとどうやらキャリッジ内部ミラーについたホコリによるものと思われます。

セイコーエプソン社の公式ホームページを見ると販売終了となった製品の修理対応は行ってないんですね。

http://www.epson-service.co.jp/service/repair/scanner.html

もし、ここをご覧の方で、似たような症状(暗部縦筋)にお悩みの方が居られたらご相談ください。

ミラーに付着したゴミが原因である場合は修理できます。

知人の許可を得て、症状の画像をアップしました。

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